tag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post8243402053029566284..comments2022-07-29T13:13:54.382+03:00Comments on Blog of Aleksei Medvedev: Моделирование в GROMACS (практическое руководство)Unknownnoreply@blogger.comBlogger16125tag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-61640947777405956552017-03-22T17:09:09.263+03:002017-03-22T17:09:09.263+03:00Добрый день.
Думаю лучше всего обратиться к полно...Добрый день.<br /><br />Думаю лучше всего обратиться к полному руководству пользователя. Данным ПО занимался достаточно давно более 5 лет назад, за такой срок могло многое измениться. http://www.gromacs.org/DocumentationAleksei Medvеdevhttps://www.blogger.com/profile/11523074945711732547noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-77026311009348994482017-03-22T17:01:31.821+03:002017-03-22T17:01:31.821+03:00Добрый день!
Хочу поблагодарить Вас за информацию...Добрый день! <br />Хочу поблагодарить Вас за информацию, которой Вы делитесь в своем блоге - она очень полезна. К сожалению, не поняла, как я могу отправить Вам письмо на электронный адрес, поэтому задам вопрос здесь. Если я правильно поняла, возможности этого программного продукта состоят в визуализации структуры элементов. Применим ли этот пакет для моделирования поведения белков без учета их молекулярной составляющей? В Вашем блоге детально описаны процедуры установки и типы файлов, могли бы Вы подсказать, где я могу найти ответ на вопрос о том, для решения каких задач этот продукт вообще используется. Заранее спасибо.<br />С уважением, Надежда Гуськова.Anonymoushttps://www.blogger.com/profile/03927702156888171581noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-58300653141475585672017-01-09T20:13:00.314+03:002017-01-09T20:13:00.314+03:00Good afternoon. Please tell me if if you have any ...Good afternoon. Please tell me if if you have any or a typical configuration, or the most common, and how much it will cost to setup?Aleksei Medvеdevhttps://www.blogger.com/profile/11523074945711732547noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-21152232629691819962017-01-09T13:25:54.816+03:002017-01-09T13:25:54.816+03:00Добрый день. Подскажите пожалуйста, если есть ли у...Добрый день. Подскажите пожалуйста, если есть ли у вас какая ни-то типовая конфигурация или самая распространенная и сколько будет стоить ее настройка?Aleksei Medvеdevhttps://www.blogger.com/profile/11523074945711732547noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-47615956570656114322017-01-08T21:02:43.286+03:002017-01-08T21:02:43.286+03:00Приветствую! Настраиваю кластера для динамического...Приветствую! Настраиваю кластера для динамического моделирования. Размер кластера на ваш выбор. Размер расходов зависит от размера кластера. Планирование кластера опционально.<br /><br />Greetings! Configurable cluster for dynamic modeling. The cluster size of your choice. costs amount depends on the size of the cluster. Cluster Planning optional.Gromacs Clusterhttps://www.blogger.com/profile/03621180874204993080noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-21416648251207935792015-02-21T21:03:34.120+03:002015-02-21T21:03:34.120+03:00To whom who know gromacs from a beginner.
I built...To whom who know gromacs from a beginner. <br />I built *.itp file in the Automated Topology Builder (ATB) http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/index.py?tab=home_tab for a new molecule, so now I have two files: *.pdb and *.itp. <br />Now I want test this single molecule by running the Brownian dynamics simulation. <br />A which step (simplest) has to be the next? <br />mdrun or grompp? <br />Give please command string for this case.<br /><br />#gromacsGeneral Astronomyhttps://www.blogger.com/profile/01363912004620219652noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-40254091961419042522011-06-14T13:26:58.132+04:002011-06-14T13:26:58.132+04:00Добрый день, Дарья.
Вопросов всегда больше чем отв...Добрый день, Дарья.<br />Вопросов всегда больше чем ответов, если это опенсор. ))<br />Начать лучше всего с туториала на английском языке.Там как кратко описаны основные моменты по применению разных программ пакета, еще более в сжатом виде некоторые моменты опубликованы здесь, но самое главное это надо определиться с тем, что конкретно вы хотите получить от пакета.<br />На счет последнего вопроса сказать конкретно я ничего не могу, т.к. сам этим не занимался. Мне когда то поступали смежные вопросы, человек планировал заниматься процессами моделирования драг.металлов с различными окислителями. Результатов его работы я конечно не знаю, но прецедент есть.Aleksei Medvеdevhttps://www.blogger.com/profile/11523074945711732547noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-23425143325843404012011-06-14T11:46:35.863+04:002011-06-14T11:46:35.863+04:00Алексей, доброе утро)
очень понравился Ваш блог.
у...Алексей, доброе утро)<br />очень понравился Ваш блог.<br />у меня возникла задача по моделированию ионных кристаллов, хотелось бы реализовать ее, при помощи системы GROMACS. начала читать различную документацию, но вопросов больше чем ответов.<br />Подскажите, пожалуйста, с чего начать.<br />и насколько реально с помощью данной системы смоделировать влияние различных воздействий на ионные кристалла.<br /><br />С уважением,<br />Манухина Дарья,<br />МГТУ им.Н.Э. Баумана КФAnonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-48550469324878486532011-05-21T13:57:00.045+04:002011-05-21T13:57:00.045+04:00Есть статья на английском языке о модификации взаи...Есть статья на английском языке о модификации взаимодействий в Gromacs. Вот ссылка: http://depositfiles.com/files/wtmt54qnrAleksei Medvеdevhttps://www.blogger.com/profile/11523074945711732547noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-13168629498732916572011-05-20T11:58:35.675+04:002011-05-20T11:58:35.675+04:00Здравствуйте.
Не подскажите, каким образом можно в...Здравствуйте.<br />Не подскажите, каким образом можно в расчет в Gromacs включить 1-3 Ван-дер-Ваальсовские взаимодействия, например, между парами О...N. <br />В мануале есть информация про блок [ pairtypes ] в ffnonbonded.itp, который есть в полях Gromos, однако мне нужен amber03. Написано также, что стоит поменять параметр gen-pairs на "yes" в директиве [ defaults ] в forcefield.itp. Если прописывать вручную в amber эти параметры, то можно ли их просто скопировать из gromos?<br />Может быть я не там ищу? Подскажите, пожалуйста. Заранее спасибо)Anonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-83698112237845811892011-03-01T23:44:42.219+03:002011-03-01T23:44:42.219+03:00Здравствуйте, Игорь. Извините за поздний ответ, ва...Здравствуйте, Игорь. Извините за поздний ответ, ваш комментарий оказался помещенным системой в спам. Увидел его только сейчас. <br />Про создание .itp файлов я написал в статье: http://aleks37.blogspot.com/2011/01/gromacs-example5.html<br />Планирую написать еще одну, более подробную, но пока не хватает времени заняться этой темой.<br />Что касается программ по автоматизации, я их не встречал, но ее можно проводить и не средствами пакета, все зависит от условий. Что необходимо оптимизировать?Aleksei Medvеdevhttps://www.blogger.com/profile/11523074945711732547noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-27249890477697481412011-02-24T20:53:14.313+03:002011-02-24T20:53:14.313+03:00Здравствуйте, Владимир.Скорее всего можно, но на п...Здравствуйте, Владимир.Скорее всего можно, но на прямую я с этим не сталкивался. Из громаска можно вытащить различные значения энергии системы, отдельных молекул или групп молекул в нужный момент времени, и используя термодинамические соотношения теоретически можно получить значения энтальпий ...Aleksei Medvеdevhttps://www.blogger.com/profile/11523074945711732547noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-57603580276402007682011-02-24T16:13:31.325+03:002011-02-24T16:13:31.325+03:00Здравствуйте Алексей !
Сам никогда не моделировал ...Здравствуйте Алексей !<br />Сам никогда не моделировал динамикой, в основном идеальный газ и квантовая химия. Но интересно следующее - слышал, что можно прогнозировать величины энтальпий испарения с использованием молекулярной динамики. Не встречались ли Вам подобные примеры ?<br /><br />С уважением Владимир<br />vladchimic@tut.byВладимирhttp://www.uni-rostock.denoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-20242989859831694312011-02-13T21:59:12.412+03:002011-02-13T21:59:12.412+03:00Здравствуйте
Я в этом семестре стал преподавать п...Здравствуйте<br /><br />Я в этом семестре стал преподавать практику<br />работы с пакетом GROMACS для магистров<br />применительно к органическим молекулам<br />так скажем не биохимической структуры<br />(на базе силового поля OPLS).<br /><br />Хотелось бы услышать о Вашем опыте создания<br />файлов itp без использования модуля pdb2gmx<br />(он предназначен для случая когда используешь<br />уже более менее готовую структуру из www.pdb.org)<br /><br />Есть ли средства автоматизирующие процесс<br />создания файла itp (описание связей, обычных и <br />торсионных углов) для молекул не биохимической<br />направленности ?<br /><br />ИгорьAnonymousnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-57373803710996206552010-11-30T21:11:50.572+03:002010-11-30T21:11:50.572+03:00Здравствуйте, Константин, я рад, что мое наработки...Здравствуйте, Константин, я рад, что мое наработки понадобились. Отвечаю на ваши вопросы.<br />Я буду в дальнейшем продолжать это направление, в заголовке статей стоит, выделенная дата последней редакции страницы, наблюдайте за ними, буду добавлять новые статьи, а также в скором времени возможно выложу скипты и доп.программы к пакету.<br />Темы будут следующие: <br />1.Проведение и обработка результатов МД эксперимента в Громаксе, где в частности я буду скорее всего рассматривать работу с координатами, значениями энергий, числом водородных связей, временами жизни и другими параметрами. <br />2.Визуализации силами программ из пакета Громакс + VMD + может быть Grace и еще, что будет необходимо, и с чем буду работать. <br />3.Я сейчас установил себе и обновлю в скором времени на рабочих машинах версию громакса до 4.5, работать я скорее всего буду с ней или чем по новее. Старая версия мне нужна для работы с PVM, так как от нее все началось, также планирую поставить MPI.<br />4. Возможно также буду заниматься другими программами по МД и может быть CPMD.<br />Источники используемые мною, это в основном, английская литература, руководство по пакету, а также родной сайт громакса + обрывки из русских работ людей, которые когда-то занимались этим пакетом, но их очень мало. Так что, как такового руководства, кроме этого, на русском нет вообще... (((( или я его не нашел, хотя много чего уже облазил. Если есть конкретные возможности в новой версии пакета, которые хотите, чтобы я освятил более детально, перечислите их в комментариях, я постараюсь по мере возможности посмотреть их и выложить описания.Aleksei Medvеdevhttps://www.blogger.com/profile/11523074945711732547noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-7568866932014762260.post-45075028962833489222010-11-30T19:46:09.769+03:002010-11-30T19:46:09.769+03:00Здравствуйте, Алексей!
Мне было очень интересно пр...Здравствуйте, Алексей!<br />Мне было очень интересно прочитать Ваши материалы по работе с ГРОМАКС, т.к. на русском языке мне ничего достаточно серьезного найти не удалось.<br />Вопросы: Вы будете продолжать развивать это направление в будущем и добавлять новые материалы? Если да, то по каким подтемам? Какие источники Вы используете? Возможно, Вы можете посоветовать другие русскоязычные руководства?<br />Некоторые пожелания: хотелось бы увидеть развитие темы анализа МД-траекторий инструментами ГРОМАКС (тексты команд, их опции, индекс-группы, конвертация форматов файлов) и их визуализации (VMD, PyMOL, плюс внешние скрипты и плагины, рендеринг изображений). Также отражение новых возможностей текущей версии 4.5.3 (а не устаревших 3.3.3 или 4.0.7).<br />С уважением,<br />Константин Одынец.<br />Институт молекулярной биологии и генетики<br />НАН Украины, Киев.<br />Е-почта: odynets@imbg.org.ua<br />ICQ (QIP): 359507340Anonymousnoreply@blogger.com