Gromacs - конфигурирование и установка для GPU & Linux

          Расчеты по методу молекулярной динамики в Gromacs на видеокарте от nVidia с поддержкой CUDA в KUbuntu 10.4. Последняя редакция статьи: 18.10.2011.

      Полный рабочий алгоритм по конфигурированию и установке Gromacs on nVidia GPU, могу предоставить, за информацию о вашем опыте работы с Gromacs и MPI, PVM, GPU, просто связанный с моделированием в нем и т.д.

      Список поддерживаемых видеокарт, более точный на этом сайте:

• G92/G94:
  • GeForce 9800 GX2/GTX/GTX+/GT
  • GeForce 9800M GT
  • GeForce GTS 150, 250
  • GeForce GTX 285M, 280M
  • Quadro FX 4700
  • Quadro Plex 2100 D4
• GT200:
  • GeForce GTX 295, 285, 280, 270, 260
  • Tesla C1060, S1070, M1060
  • Quadro FX 4800, 5800
  • Quadro CX
  • Quadro Plex 2200 D2, 2200 S4
• GF1xx (Fermi)
  • GeForce GTX 485, 480, 470, 465, 460
  • GeForce GTX 590, 580, 570, 560 Ti, 550 Ti, 580M, 570M
  • Tesla C2050, C2070, M2050, M2070, M2075, C2075, M2090
  • Tesla S2050

На не поддерживаемых тоже работает.

Таблица предварительной статистики

      В качестве предварительной статистики могу привести следующую таблицу, в ней время расчета указано в минутах и размер моделируемой системы в количестве молекул (полное число частиц = текущее*3):

          1 - Intel Core 2 Duo E4600;

          2 - nVidia GeForce GTS 450.

      Из нее видно, проводить моделирование на GPU в 10 раз быстрее, чем на CPU и это еще не на самом производительном оборудовании.

       Кто заинтересован, пишите в комментарии или на форуме.

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме.