Популярные сообщения

среда, 10 ноября 2010 г.

Gromacs - установка и конфигурирование под PVM & Linux

В данной статье описана процедура установки пакета Gromacs и необходимых для его работы программ с использованием среды параллельных распределенных вычислений PVM на базе операционной системы Kubuntu 10.4 (i386) или Ubuntu 10.4 (amd64). Статья дополнена 21.11.2010.
Данный алгоритм установки работает на Kubuntu, а также на Ubuntu, но с небольшими дополнениями.
            Установка PVM.
Перед началом установки проверьте, установлен ли у вас gcc.
PVM версии pvm3.4.6.tgz была скачиваем от сюда и помещаем в свою домашнюю директорию (~) или куда удобнее:
Распаковываем скачанный архив. 
    tar xzvf pvm3.4.6.tgz 
Создаем в домашней папке пользователя каталог software, а в нем каталоги bin и lib.
В конфигурационный файл командного интерпретатора bash (/etc/bash.bashrc):
    kdesudo kate /etc/bash.bashrc
добавлены следующие строчки:
#pvm configuration
export PVM_ROOT=/home/root/pvm3 #путь к каталогу куда распаковали pvm
if [ -z $PVM_ROOT ]; then
    if [ -d ~/pvm3 ]; then
        export PVM_ROOT=~/pvm3
    else
        echo "Warning - PVM_ROOT not defined"
        echo "To use PVM, define PVM_ROOT and rerun your .bashrc"
    fi
fi
if [ -n $PVM_ROOT ]; then
    export PVM_ARCH=`$PVM_ROOT/lib/pvmgetarch`
    export PATH=$PATH:$PVM_ROOT/lib/$PVM_ARCH  # arch-specific
    export PATH=$PATH:$PVM_ROOT/bin/$PVM_ARCH
fi
export PVM_PATH=$PVM_ROOT/bin/$PVM_ARCH
export PVM_DPATH=pvm3/lib/pvmd
export PVMHOSTFILE=/home/root2/.rhosts
#end of pvm configuration
#gromacs configuration
export SOFT=$HOME/software
export CPPFLAGS="-I$SOFT/include"
export LDFLAGS="-L$SOFT/lib"
export NCPU=4  # quantity of CPU
export PATH="$PATH":$SOFT/bin
#end of gromacs configuration

      В системе должен быть установлен SSH. Для коммуникаций, PVM использует RSH или SSH, по умолчанию в файле конфигурационном файле для каждой операционной системы в PVM (например, для Linux 64-bit: ~/pvm3/conf/LINUX64.def), стоит RSH, но лучше использовать SSH. Для этого в этом файле нужно прописать значение переменной ARCHCFLAGS, параметр RSHCOMMAND должен содержать путь к команде SSH, например DRSHCOMMAND=\"/usr/bin/ssh\" .
В системе скорее всего также отсутствует библиотека m4_1.4.13-2_amd64, которую необходимо скачать:
    sudo apt-get install m4
В каталоге /pvm3 выполняем команду для сборки и установки:
    cd ~/pvm3
    make
По окончании ее работы PVM будет готова к использованию. Для проверки можно ввести в консоле PVM и увидим в ответ приглашение:
    pvm>
Все PVM готова, выкдючаем ее:
    pvm> halt
На этом процесс установки и настройки PVM завершен.
          Установка Gromacs.
Скачиваем вот эти пакеты:
fftw-3.2.2.tar.gz
gsl-1.11.tar.gz
для gromacs`a работающего с PVM нужен особый исходник, т.к. на поддержку PVM в нём отменили, скачиваем вот этот:
gromacs-3.2.1.tar.gz
Распаковываем в домашнем каталоге: 
tar xzvf fftw-3.2.2.tar.gz
tar xzvf gsl-1.11.tar.gz
tar xzvf gromacs-3.2.1.tar.gz

    Установка fftw.
cd ~/fftw-3.2.2/
./configure --prefix=$SOFT --enable-debug --enable-float --disable-mpi --enable-threads
make -j $NCPU
sudo make install

    Установка gsl.
cd ~/gsl-1.11
./configure --prefix=$SOFT
make -j $NCPU
make install

    Установка Gromacs.
cd ~/gromacs-3.2.1
следующая команда выполняется для того, чтобы процесс конфигурации перед установкой Gromacs в Ubuntu прошел успешно, в Kubuntu данная команда не обязательна.
sudo apt-get install fftw3-dev
./configure --prefix=$SOFT --with-gsl --enable-pvm --with-x --enable-shared
make -j $NCPU
make install

    Установка движка mdrun.
make distclean
./configure --prefix=$SOFT --with-gsl --enable-pvm --with-x --enable-shared
make mdrun -j $NCPU
make install-mdrun

Дальше необходимо скопировать файл mdrun на остальные хосты кластера в папку ~/pvm3/bin/LINUX64(или в папку вашей архитектуры)/ , а на главном можно кинуть в эту папку симлинк на этот файл в папку с этим же путем.

На этом процесс установки и конфигурирования Gromacs`a для PVM завершен.  
Система готова к моделированию. Новые версии программ можно скачать с родных сайтов (см.ссылки в оглавлении). 

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме.  

Назад к оглавлениюруководство по Gromacs

0 коммент.:

Отправить комментарий

Ваш комментарий будет "принят к сведению" и пойдет на рассмотрение.