Gromacs, example5 - Алгоритм включения файлов и переменных в процесс моделирования.

      Созадние в ручную файлов с дополнительными параметрами для моделирования (*.itp, *.mdp, *.top) для любой версии Gromacs. Директивы define и include.

      *.top файлы и вообще любые другие файлы можно создавать самому, не прибегая к услугам программ по генерации, таких как pdb2gmx и подобных ему. По больному счету любое силовое поле Gromacs`a есть просто набор определенных констант, которые лежат в файлах, подключающихся в определенном порядке и *.top - набор дополнительных параметров и ссылок. У Gromacs`a есть так называемый С препроцессор - cpp, который выполняет сканирование файлов для grompp и собирает все компоненты согласно дерективам. Любую величину в Gromacs можно переоперделить, объявив заново, использоваться в моделировании будет последняя объявленная. Если необходимо использовать при расчетах какие либо особоые величины не совпадающие с теми, что лежат в силовом поле Gromacs`a или добавить какие либо дополнительные данные к расчету, то можно написать/дописать свой файл *.itp. Для этого необходимо создать в нем конструкцию, например такого вида:

      #ifdef POSRES_WATER
      ; Позиционное ограничение для каждого атома кислорода в молекуле воды
      [ position_restraints ]
      ;  i funct       fcx        fcy        fcz
      1    1       1000       1000       1000
      #endif
в ней задается дефайнер (определитель) - все что стоит между #ifdef и #endif с именем POSRES_WATER и может быть вызвано.
Для того чтобы файл эту конструкцию увидел grompp, ее необходимо подлкючить директивой в *.top файле:
      #include "имя_файла.itp" // в этом случае будут искать по переменной окружения GMXLIB в */share/gromacs/top.
Для того чтобы задействовать дополнительные каталоги в поиске файлов, а не только GMXLIB необходимо их подлключить для grompp в *.mdp файле директивой, начинающейся с -I:
      include = -I/home/alex/my_file
      include = -I../more_lib
Для того чтобы воспользоваться данными из такой конструкции необходимо в *.mdp прописать директивой имя нашего дефайнера начинающееся с -D:
      define = -DPOSRES_WATER
Когда grompp будет собирать бинарник для mdrun, то он исполнит все как написано в подключенных файлах и конструкциях. 

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs