Gromacs, example1 - Пример файла минимизации энергии: em.mdp

•    em.mdp - файл необходимый для минимизации энергии моделируемой системы. Это примерное содержание файла, описание каждого параметра можно посмотреть в статье "Файл параметров моделирования: *.mdp".

     Символ ";" означает комментарий его не будут принимать во внимания программы Gromacs`a при чтении файла.
        ============
; MY em1 file (Aleks37)
title               =  em1
cpp                 =  /usr/bin/cpp
define              =  -DFLEX_SPC
; RUN CONTROL PARAMETERS
integrator          =  steep
nsteps              =  1000
nstcomm             =  1  
; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
emtol               =  100
emstep              =  0.01
; OUTPUT CONTROL OPTIONS
nstxout                  = 10
nstvout                  = 10
nstfout                  = 10
nstlog                   = 10
nstenergy                = 10
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
nstlist         =  1
ns_type             =  grid  
pbc            =  xyz
rlist               =  1.5 ;
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
coulombtype         =  PME
rcoulomb            =  1.5 ;
rvdw                =  1.5 ;
optimize_fft        =  yes
; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
Tcoupl              =  no
Pcoupl              =  no
; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
gen_vel             =  no
; OPTIONS FOR BONDS  
constraints         =  none
        ============

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs