Популярные сообщения

пятница, 5 ноября 2010 г.

Gromacs, beginning - файлы для запуска моделирования.

В данной статье содержится набор описаний файлов необходимый для начального этапа работы с Gromacs`om, а именно - создание моделируемой системы и само моделирование. Редакция от 02.09.2010.
    ============
    Структурные файлы.
•    *.pdb     - формат базы данных Protein Data Bank. Хранит координаты атомов, как полученные в ходе расчета, так и экспериментальные, например, при помощи рентгеноструктур-ного анализа. В последнем случае нужно иметь в виду, что незначительные ошибки в определении положения некоторых атомов могут привести к возникновению больших сил и неустойчивости модели. Координаты в этом формате записываются в ангстремах с точностю до 3-го знака. Для создания системы или веществ можно использовать Авогадро можно скачать для win32 или для linux через sudo apt-get install ... Он поддерживает формат *.pdb.
•    *.gro    - файл с координантами частиц в моделируемой системе, синтаксис: номер_частицы+имя_вещества, тип связи, номер_атома, координаты_атома(x,y,z), значения скоростей(x,y,z). Есть возможность сторонней записи и использования файла на С++.
            - Внутренний формат координатного файла пакета GROMACS, хранит координаты и скорости частиц, а так же информацию о размерах расчетной области пространства — ячейки, внутри «стенок» которого существует исследуемая система. Координаты записываются в нм с точностью до 4-го знака. *.g96 то же, что и GRO, однако его точность вдвое выше: до 8-го знака после запятой.
    ============
    Файлы топологии.
•    *.top    - файл топологии для моделируемой системы. TOPology file, формат файлов, содержащих информацию о топологии молекулы, т.е. о всех длинах и жёсткостях всех связей, о равновесных значениях углов и их жёсткостях и т.д. Так же в *.top файле содержится название системы, состав её (сколько и каких молекул входит в систему) и ссылки на другие файлы, содержащие, например, параметры некоторых молекул. Можно также создавать вручную такого рода файлы дальше ».
•    *.itp     - Include ToPology file, файлы содержащие геометрические и силовые параметры отдельной молекулы. Как правило, это топологии молекул, не вошедших в стандартный набор GROMACS. Расширение *.itp имеют так же файлы силового поля, содержащие информацию, о параметрах Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий атомов (*nb.itp), а так же имена и параметры типов связей и углов (*bon.itp). Пакет организован таким образом, что пользователь может создать *.top файл содержащий в себе всю информацию о данной конкретной системе в явном виде. Или же, в случае системы состоящей из многих различных молекул, создать *.top файл, содержащий лишь информацию о количестве и типах молекул и ссылки на соответствующие *.itp файлы с параметрами для молекул каждого типа. Последний вариант удобнее.
    •    *nonbonded.itp     - файлы со значениями соответствующих типов атомов и констант для потенциала взаимодействия.
    •    *bon.itp        - файлы для силовых констант: связи и углы.
Можно также создавать вручную такого рода файлы дальше ».
•    *.atp     - Atom ToPology file, файлы, хранящие информацию о типах частиц, массы и Ван-дер-Ваальсовы радиусы.
            - файл с типами атомов, обозначениями для OPLS или любого другого силового поля (силовое поле - набор параметров взаимодействия частиц, атомов) и их массой.
•    *.rtp     - Residue ToPology file, файлы со стандартными топологиями остатков (Residue Topology). Сюда входят стандартные топологии, например, аминокислот, нуклеотидов, некоторых растворителей и т.д..
•    *.hdb     - Hydrogen Data Base, файлы содержащие информацию о количестве и положении протонов в молекуле. Эти файлы необходимы для правильного расположений протонов, т.к. рентгеноструктурный анализ не даёт информации о их положении.
    ============
    Файлы параметров или Input-файлы.
•    *.mdp  (Molecular Dynamics Parameters) — текстовые файлы содержащие параметры расчетов, в частности, шаг интегрирования, количество шагов, параметры термо- и баростати-рования и все прочие параметры модели. Подробное описание параметров в файле смотрите тут.
•    *.tpr     - файл (бинарный) для mdrun , в нем содержатся тип эксперимента (молекулярная динамика, минимизация энергии и т.д.), координаты частиц, скорости при заданной температуре, используемое силовое поле, время моделирования, шаг и др.

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлениюруководство по Gromacs

0 коммент.:

Отправить комментарий

Ваш комментарий будет "принят к сведению" и пойдет на рассмотрение.