Gromacs, beginning - mdrun

     В данной статье содержится набор описаний опций, параметров и команд для работы с движком моделирования пакета Gromacs - программой mdrun, для запуска параллельного и обычного расчетов.

•    mdrun         - все процедуры расчетов в пакете GROMACS осуществляются программой mdrun, которой на вход подаётся один единственный файл с расширением .tpr. На выходе mdrun выдаёт траекторный файл (-о ), файл с конечными координатами атомов (структурный, *.gro, -с), файл энергий (-е) и лог-файл, в котором содержится отчёт с промежуточными итогами расчётов (-g).
                        - /* ... когда PME используется в доменной декомпозицией, разделеным хостам должно быть дано только одно вычисление PME mesh, в вычислительном плане более эфекстивно запускать на 12 хостах. Число PME хостов устанавливается опцией -npme, оно не должно быть более, чем половина хостов. По умолчанию mdrun сделает придерется к числу PME хостов, когда оно меньше, чем 11 или "разумный" запуск не будет совместим с PME измерением сетки x. Но пользователь должен оптимизировать npme. Статистика производительности об этой проблеме пишется в конец лог файла расчета. Для хорошей загрузочной балансировки (load balancing) на высоком уровне распараллеливания, npme должно быть делимы на число PME хостов. ... */
        ============
        mdrun_mpi_d , mdrun_mpi или mdrun  // в зависимости от сборки
                      -s topol.tpr
                    -o traj.trr
                    -x  traj.xtc
                    -cpi  state.cpt
                    -cpo state.cpt
                    -c  confout.gro
                    -e ener.edr
                    -g md.log
                    -dgdl dgdl.xvg
                    -field field.xvg
                    -table table.xvg
                    -tablep tablep.xvg
                    -tableb table.xvg
                    -rerun rerun.xtc
                    -tpi  tpi.xvg
                    -tpid  tpidist.xvg
                    -ei sam.edi
                    -eo sam.edo
                    -j wham.gct
                    -jo  bam.gct
                    -ffout  gct.xvg
                    -devout  deviatie.xvg
                    -runav runaver.xvg
                    -px  pullx.xvg
                    -pf  pullf.xvg
                    -mtx nm.mtx
                    -dn dipole.ndx
                    -[no]h                 // спаравка
                    -nice int             // приоритет запуска
                    -deffnm string         // установить имя файла по умолчанию для всех файлов опции
                    -[no]xvgr     [yes]    // добавить спец.код для выходных xvg файлов для xmgrace
                    -[no]pd     [no]    // использовать
                    -dd vector  [0 0 0]    // сетка доменной декомпозиции(ДД), 0 - оптимизация
                    -npme  int            // число разделнных хостов для использования PME
                    -ddorder  enum  [interleave] // ДД порядок хостов: interleave , pp_pme или cartesian
                    -[no]ddcheck  [yes]    // проверка для всех связных взаимодействий с ДД
                    -rdd  real [0]        // максимальное расстояние для связных взаимодействий с ДД (нм), 0 установить из начальных координат
                    -rcon real [0]        // максимальное расстояние для P-LINKS (нм), 0 - оценивать
                    -dlb enum [auto]    // Динамическая загрузочная балансировка (с ДД): auto, no, yes
                    -dds real [0.8]        // минимально разрешенный вычислинный dlb для размеров ячейки
                    -[no]sum  [yes]        // суммировать энергии каждый шаг
                    -[no]v         [no]    // больше инф.
                    -[no]compact [yes]    // сделать компактным log файл
                    -[no]seppot [no]    // записать разделив V и dVDl термы для каждого типа взаимодействия и хоста в лог файлы
                    -pforce real [-1]    // писать все силы больше чем это значение (kJ/mol nm)
                    -[no]reprod  [no]    // пробовать онулировать оптимизацию, чтобы продложить с контрольной точки
                    -cpt real    [15]    // Интервал контрольной точки (минуты)
                    -[no]append [yes]    // добавить моделируемую часть номера ко всем выходным файлам, когда продложается с контрольной точки
                    -maxh  real    [-1]    // остановить после 0,99 момента в это время (часы)
                    -multi  int    [0]        // сделать многократные моделирования параллельно
                    -replex  int [0]    // попытаться сделать точную копию каждый шаг
                    -reseed  int [-1]    // рандоматор для попыток сделать точнкую копию, -1 генерировать
                    -[no]glas [no]        // провести /* стеклянное */ моделирование со специальной дальнодействующей коррекцией
                    -[no]ionize    [no]     // провести моделирование вуключая эффекты рентгеновского излучения воздействующего на вашу систему.
        ======
        mdrun -nice 1 -v -s [7] -o [9] -c [10] -e [11] -g [12]
        ======
        mpirun -hostfile mpi.host -np 9 mdrun_mpi -npme 4 [...]            //запуск процесса моделирования с помощью OpenMPI на 9 процессорах с числом PME хостов = 4 /* макс. производительность при pme_oder=6 и запуске на 9 машинах на кластере*/ , файлы  *.trr *.edr и другие будут сохраняться на машине, первой в списке mpi.host - доступных для использования машин. 

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs