Gromacs, example4 - Индексные файлы, ФРР, анимация движения молекул.

     В данной статье рассматривается создание *.xvg файлов для построения функций радиального распределения (ФРР или RDF) - g_rdf и просмотр анимации - динамика движения молекул в моделируемой ячейке - ngmx, а также написание индексных файлов, так необходимых при детальной обработке результатов - make_ndx. Параметры: Kubuntu 10.4 (i386) или Ubuntu 10.4 (amd64), Gromacs 4.5.3

    Представленный ниже алгоритм почти целиком является скриптом с описаниями. В данном примере берется обсчет для молекул воды tip4p - жесткая, не поляризованная.

#!/bin/bash

# в большинстве моих скиптов начало одинаковое - пишутся экспорты в память: основное название файла, тип используемых моделей, нумератор и имена .mdp файлов, и в данном случае, дополнительный кусочек имени файла.
export MOL=Water216
export MODEL=tip4p
export NUMBER=3-3.2.1
export EM=em${NUMBER}
export PR=pr${NUMBER}
export MD=md${NUMBER}
export ACT=${PR}

trjconv -f ${MOL}_${ACT}.trr -o ${MOL}_${ACT}.xtc #  иногда необходимо преобразовать файл траекторий в более простой. Программы по обработке результатов в большинстве случаев поддерживают и тот, и другой тип файлов.

# для построения RDF необходим индексный файл с нужными группами атомов. В этом нам поможет следующая утилита:
make_ndx -f ${MOL}_${ACT}.gro -o ../TIP4P.ndx #  генерирует индексный файл из *.gro, с группами уже представленными в моделируемой системе + с группами подходящими по параметрам отбора заданными пользователем при запуске программы:
# > a HW*         // выберет все номера атомов с этим типом связи HW* и запишит их в группу [ HW* ]
# > a OW4         // выберет все номера атомов с типом связи OW4 и запишит их в группу [ HW4 ]
# > a HW* | a OW4     // выберет все номера атомов с типами связи HW*, OW4 и запишит их в группу [ HW*_OW4 ]
# > q             // сохранить и записать все в файл.
# > h             // выводит примеры работы с программой + справка.
# > name nr name // переименовать группу nr в группу name
# > keep nr // удалить все группы кроме nr
# > del nr1 [- nr2]    // удалить группу или группы в диапазоне от nr1 до nr2

# сами RDF генерирует следующая программа:
g_rdf -f ${MOL}_${ACT}.xtc -s ${MOL}_${ACT}.tpr -n ../TIP4P.ndx -o ${MOL}_${ACT}.xvg -w -xvg xmgrace -pbc # запуск для Kubuntu, -w // показать сразу результаты
#                                           -xvg xmgrace // выводить результаты с доп.опциями для Grace, ее можно поставить из бепешки: sudo apt-get install grace
#                                           -pbc // сохранить периодичность
#                                           -n // подлючает индексный файл лежащий в каталоге на уровень выше: ../
g_rdf -f ${MOL}_${ACT}.trr -s ${MOL}_${ACT}.tpr -n ../TIP4P.ndx -o ${MOL}_${ACT}.xvg -w # запуск для Ubuntu.

ngmx -f ${MOL}_${ACT}.trr -s ${MOL}_${ACT}.tpr # визуализатор ячейки с анимацией движения, после запуска выбираем группы молекул для визуализации, справа панель смещений и вращений всей ячейки, работают правая и левая кнопки мыши. Для включения панели анимации необходимо открыть одну из верхних менющек и выбрать соответствующую опцию.

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs