Популярные сообщения

воскресенье, 2 января 2011 г.

Gromacs, beginning - pdb2gmx

      В данной статье содержится описание ключей(флагов) для программы pdb2gmx, создающей начальные файлы топологии и координат моделируемой системы.

•    pdb2gmx       - программа читает координатный файл, чаше всего это *.pdb, добавляет гидро данные в молекулы и генерирует координаты в *.gro формат файлов(по умолчанию), а топологию в *.top формат файлов. Этот файл может быть в позже использован для создания входного файла в основную программу.
        ============
        pdb2gmx     -f eiwit.pdb         // входной файл
                    -o conf.gro         // выходной файл *.gro
                    -p topol.top         // выходной файл топологии
                    -i posre.itp         // /*выходной файл включая файл топологий*/
                    -n clean.ndx        // выходной индексный файл
                    -q clean.pdb          // выходной файл
                    -[no]h              // -/-
                    -nice  int  [0]        // -/-
                    -[no]merge             // /*позволяет соединять последовательности цепей молекул в одну*/
                    -ff  string[select]    // позволяет задавать силовое поле для моделирования. Список силовых полей поддерживаемых в Gromacs 4.5.3:

 1: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003)
 2: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995)
 3: AMBER96 force field (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996)
 4: AMBER99 force field (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000)
 5: AMBER99SB force field (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)
 6: AMBER99SB-ILDN force field (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)
 7: AMBERGS force field (Garcia & Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002)
 8: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0beta
 9: GROMOS96 43a1 force field
10: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)
11: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)
12: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
13: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
14: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)
15: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using full solvent charges
16: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges
17: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)
18: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR

, если использовать, например G53a5, то подключаться файлы, по хронологии вызова: ffG53a5.itp -> forcefield.itp    -> ffnonbonded.itp
                                              -> ffbonded.itp -> ff_dum.itp
                    -water  enum [spc]    // позволяет задавать тип модели воды, с GROMOS: spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p или f3c
                    -[no]inter          // устанавливает следующие 6 опций
                    -[no]ss
                    -[no]ter
                    -[no]lys
                    -[no]asp
                    -[no]glu
                    -[no]his
                    -angle real    [135]    // MIN угол hydrogen-donor-acceptor для H-связи (градусы)
                    -dist real [0.3]    // MAX  donor-acceptor расстояние для H-связи (нм)
                    -[no]una             //
                    -[no]ignh             // игнорировать водородные атомы в *.pdb файле
                    -[no]missing          // продолжать при пропущенных атомов(опасно!)
                    -[no]v              // больше информации
                    -posrefc  real        // силовая константа для ограничения положения
                    -vsite enum         //
                    -[no]heavyh         // сделать водородные атомы тяжелыми
                    -[no]deuterate        // изменить массу водородов на 2 а.е.м.
        ======
        pdb2gmx -f[0] -o[1] -p[2] -water [...]

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлениюруководство по Gromacs

4 комментария:

  1. Здравствуйте Алексей! Я новичок в gromacs . Совсем Недавно установила етот пакет. Я создала pdb файл простой карбоновой кислоты С10 и теперь пробую создать topology файл и gro файл с помощью pdb2gmx program но при выборе OPLS-AA/L force field появляется error:Residue '' not found in residue topology database. Как правильно выбрать force field? Почему-то residue не указан. Я Проверила структуру - она целостная.
    Warning: Starting residue 1 in chain not identified as Protein/RNA/DNA.
    Problem with chain definition, or missing terminal residues.
    This chain does not appear to contain a recognized chain molecule.
    If this is incorrect, you can edit residue types.dat to modify the behavior.
    8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully

    Another question is how to edit residue types.dat?
    Буду Вам очень благодарна за ответ! Karina

    ОтветитьУдалить
  2. Здравствуйте, Карина!
    У вас не найдены в базе топологии громакса имя молекулы или группы атомов, которые есть в вашем файле pdb.
    Начальная молекула или группа 1 не определена как Protein/RNA/DNA. Короче проблема со структурным описанием молекулы, он ее не понимает.
    Можно воспользоваться другим силовым полем, например амбером, а можно types.dat модифицировать.
    P.S. Силовое поле выбирается в зависимости от того, на что вы делает упор при моделировании, например, OPLS-AA/L - хорошо рассматривать процессы растворения, сольватации и др. АMBER больше рассчитан на работу с ДНК и так далее.

    ОтветитьУдалить
  3. Спасибо, Алексей! Целью является поместить молекулу между 2мя фазами и рассчитать area per molecule .Я пробовала другие force fields, но в ответ получаю все тот же error, по всей видимости проблема со структурой моей молекулы, как вы правильно заметили. Вы не подскажите, как нужно изменить types.dat, чтоб он мог распознать эту структуру. Если у меня простая алкановая цепь с карбоновой группой на конце, мне нужно разбить молекулу на блоки или можно задать всю молекулу сразу?
    А как создается pdb файл для исследования молекул, отличних от протеинов, которых нет в дата банке? Может есть специальные программы для этого? Spasibo! Karina

    ОтветитьУдалить
  4. Сам я types.dat не редактировал, но могу дать совет из схожей области:
    1. Найти описание синтаксиса файла *.pdb, что в каком столбце, может даже в моем блоге есть, я точно не помню.
    2. Открыть types.dat и проверить их на соответствие элементов синтаксиса, если что дописать свою часть.
    В громаксе "обычно" все проходит через связи и номера молекул.
    На счет создания, то можно использовать Авогадро он кроссплатформенный и вроде поддерживает формат *.pdb для сохр. Рисуем молекулу, можно ее минимизировать, затем сохраняем: вот ссылка на скачку для Win32: http://depositfiles.com/files/xwbfu3n20
    p.s. В принципе можно и обойтись без *.pdb файлов, они содержат просто доп.инф., а так копия *.gro а *.top можно руками написать несколько строк

    ОтветитьУдалить

Ваш комментарий будет "принят к сведению" и пойдет на рассмотрение.