Gromacs, example3 - Пример файла для утряски воды: pr.mdp

    •    pr.mdp  - файл необходимый для "утряски воды" (posission restaing) для NVT ансабля, половина параметров полностью копируется из em.mdp.  Это примерное содержание файла, описание каждого параметра можно посмотреть в статье "Файл параметров моделирования: *.mdp".

        ============
; MY file (Aleks37)
title               =  prS
cpp                 =  /usr/bin/cpp
;
; RUN CONTROL PARAMETERS
integrator          =  md
dt                  =  0.001        ; = 1 fs
nsteps              =  50000        ; = 50  ps
nstcomm             =  1
; OUTPUT CONTROL OPTIONS
nstxout             =  10
nstvout             =  10
nstfout             =  10
nstlog                =  100
nstenergy           =  10
energygrps            =  SOL
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
nstlist             =  1      
ns_type             =  grid
pbc            =  xyz
rlist               =  1.24     ;new box vectors :  2.486  2.486  2.486  (nm)
;rlist               =  0.9     ;new box vectors :  1.864  1.864  1.864  (nm)
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
coulombtype         =  PME
rcoulomb            =  1.24
rvdw                =  1.24
; Ewald, PME, PPPM options
optimize_fft        =  yes
; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
Tcoupl              =  berendsen
tc-grps            =  SOL
tau_t               =  0.01
ref_t               =  298
; OPTIONS FOR BONDS
constraints         =  none
        ============  

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs