Gromacs - установка и конфигурирование под OpenMPI & Linux

      В данной статье описана процедура установки пакета Gromacs и необходимых для его работы программ с использованием среды параллельных распределенных вычислений OpenMPI для двойной точности вычислений double на базе операционной системы KUbuntu 10.4 (amd64 & i386). Редакция от 22.09.2011.

       Представленный ниже алгоритм почти целиком является скриптом для установки, так что кому очень сильно хочется можно скопировать его в текстовый файл, назвав его, например, gromacs_installing.sh , права надо добавить chmod a+x gromacs_installing.sh и можно запускать на исполнение.Замечание: в статье указаны ошибки возникающие при сборке и пути их решения.
      Необходимо создать переменные окружения в /etc/bash.bashrc или ~ /.bashrc :

#gromacs configuration
export SOFT=$HOME/software
export CPPFLAGS="-I$SOFT/include"
export LDFLAGS="-L$SOFT/lib"
export NCPU=2 # number of CPU
export PATH="$PATH":$SOFT/bin
#end of gromacs configuration

      Пакеты скачиваем: fftw3.tar.gz, gromacs-4.5.4.tar.gz или gromacs-4.5.5.tar.gz, gsl-1.11.tar.gz, openmpi-1.4.3.tar.gz распаковываем, необходимо создать папку software, с каталогами в ней lib, bin, include, и поместив ее например в домашний каталог.
      Лучше также проверить установлены ли в системе пакеты: 

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

      #installing OpenMPI

cd openmpi-1.4.3

./configure --prefix=$SOFT 
#configure error c++ preprocessor lib cpp fails sanity check - решение:

#sudo apt-get install g++

make -j $NCPU

make install

      #installing fftw

cd fftw-3.2.2

#./configure --prefix=$SOFT --enable-long-double --enable-sse2 --enable-mpi --enable-openmp --enable-threads #--enable-sse
# error with sse... - решение:

./configure --prefix=$SOFT --enable-long-double --enable-mpi --enable-openmp

make -j $NCPU

make install

      #installing GSL

cd ~/gsl-1.11

./configure --prefix=$SOFT

make -j $NCPU

make install

      #installing Gromacs

cd ~/gromacs-4.5.3

sudo apt-get install fftw3-dev

./configure --with-gsl --enable-double --prefix=$SOFT --with-fft=fftw3

make -j $NCPU

make install

      #installing mdrun

make distclean

#./configure --with-gsl --enable-double --prefix=$SOFT --with-fft=fftw3 --enable-mpi --enable-tmpi-profiling
# configure: error: cannot compute sizeof (off_t) - смена версии mpi до 1.4.3 и gromacs до 4.5.3(при ручной сборке) не помогает - решение:
#./configure --with-gsl --enable-double --prefix=$SOFT --with-fft=fftw3
# но нам оно нам не подходит, т.к. мы лишаемся MPI, поэтому ставим бепешку:

sudo apt-get install openmpi-bin

# конфигурирование для mpi и double:

./configure --with-gsl --enable-double --prefix=$SOFT --with-fft=fftw3 --program-suffix=_mpi_d --enable-mpi --enable-tmpi-profiling

make mdrun -j $NCPU

make install-mdrun

# Вот в принципе и вся сборка!
# Дополнительные команды, которые иногда требуются при установке из исходников:
# справка по параметрам конфигурирования программы

./configure --help

# удаление текущего дистрибутива программы

make distclean

# удаление текущей сборки программы, обычно используется перед переустановкой программы на эту же версию но с др.пар-ми:

make clean
# для сборки исходников также могут потребоваться пакеты:

linux-headers-`uname -r`
make
binutils
libc6-dev 

# их установить можно через sudo apt-get ...

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs