Популярные сообщения

воскресенье, 2 января 2011 г.

Gromacs, beginning - editconf

      В данной статье содержится описание ключей(флагов) для программы editconf, создающей новый файл координат описывающий молекулы в ячейки для моделируемой системы.

•    editconf             - осуществляет конвертацию структурных файлов, может создать ящик и разместить в нём исследуемую систему. Также способна повернуть, сместить и центрировать систему относительно ящика.
        ============
        editconf      -f  conf.gro          // входной *.gro файл
                    -n  index.ndx          // входной индексный файл
                    -o  out.gro          // выходной *.gro файл
                    -mead mead.pqr         // координационный файл для MEAD
                    -bf bfact.dat         // общий входной файл
                    -[no]h                 // печатает справку
                    -nice  int          // установка притетности текушей задачи в системе
                    -[no]w              // посмотьреть выходные файлы xvg, xpm, eps и pdb
                    -[no]ndef              // выбор выводить из групп индексов по умолчанию
                    -bt  enum [triclinic]    // тип ячейки для ключа -box : triclinic, cubic, dodecahedron or octahedron
                    -box  vector [0 0 0]// размеры ячейки в нм, минимальный размер должен быть, больее чем в два раза больше, чем cut-off для куллоновских и В-Д-В взаимодействий
                    -angles  vector [90 90 90]    // углы между длинами ячейки (bc, ac, ab)
                    -d real [0]            // расстояние между раствором и ячейкой
                    -[no]c                 // центрирование молекул в ячейке (используется совместно с -box и -d)
                    -center vector [0 0 0] // координаты геометрического центра
                    -translate vector [0 0 0]    // длины трансляций
                    -rotate vector [0 0 0]     // вращение вокруг осей x, y, z в градусах
                    -[no]princ  // ориентация молекул вдоль их главных осей
                    -scale  vector  [1 1 1] // вычислительный фактор (коэффициент масштабирования)
                    -density  real [1000] // плотность (г/л) в выходной ячейке, если не включены флаги -c -princ -d и т.д., то задает верно начальную плотность молекул в ячейке.
                    -[no]vol [yes]  // вычислять и печатать значения ячейки
                    -[no]pbc    // удалить периодичность (сделать молекулу снова целой)
                    -[no]grasp    // сохранить заряд атома в B-факторном поле и радиус атома в занимаемом поле
                    -rvdw  real [0.12] // По умолчанию радиус Ван-дер-Ваалса (нм), если он не найден в базе данных или если нет параметров в усществующем файле топологий
                    -sig56 real [0] // Использовать Rmin/2 (минимум в потенциале Ван-дер-Ваалса), а не Сигма/2
                    -[no]vdwread     // читать радиусы В-Д-В из файла vdwradii.dat предпочтительнее чем вычислять радиус базируясь на силовом поле
                    -[no]atom    // сила B-фактора к атому
                    -[no]legend    // сделать легенду B-фактора
                    -label string // добавить метку для всех остатков
         ======
         editconf -f[1] -o[3] -density [...] 

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлениюруководство по Gromacs

0 коммент.:

Отправить комментарий

Ваш комментарий будет "принят к сведению" и пойдет на рассмотрение.