Gromacs, beginning - genbox

      В данной статье содержится описание ключей(флагов) для программы genbox, которая позволяет добавить к моделируемой системе дополнительные молекулы, растворитель и а также позволяет менять ряд других параметров моделируемой системы.

•    genbox      - программа генерирует молекулы раствора (и/или растворителя) в ячейке, растворяет молекулы в любом растворителе, например в воде, выходным файлом является *.gro, изменяет молекулярный файл топологии *.top, добавляя растворитель в топологию. По умолчанию в качестве растворителя берется вода с координатами из файла spc216.gro, в нем 216 молекул воды.
        ============      
        genbox      -cp  protein.gro      // файл координат растворяемого вещества
                    -cs  spc216.gro      // файл -/- растворителля
                    -ci insert.gro           // файл координат для дополнительного числа -nmol молекул с произвольным их расположением
                    -o out.gro          // файл координат для перезаписи
                    -p topol.top         // файл топологии
                    -[no]h                  // печатает справку
                    -nice int [19]           // установка притетности текушей задачи в системе
                    -box vector [0 0 0]  // размеры ячейки в нм
                    -nmol int [0]          // количество молекул (целое число) для дополнительной установки в ячейку по ранду, проверка проходит по критерию Ван-Дер-Ваальсовых радиусов молекулы: молекулы растворителя будут удалены из ячейки, если расстояние между любыми атомами молекулы раствора и растворителя меньше, чем сумма Ван-Дер-Ваальсовых(В-Д-В) радиусов, взятых их базы vdwradii.dat.
                    -try  int [10]          // время int для поиска вакантного места для установки дополнительных молекул.
                    -seed  int [1997]     // seed int  - установка генератора случайных чисел
                    -vdwd real  [0.105]  // устанавливает расстояние -В-Д-В радиус real по умолчанию для атомов, если их нет в базе vdwradii.dat
                    -shell real [0]          // заполнит простарнство в real в нм вокруг раствора водой;
                    -maxsol int [0]          // максимальное число молекул растворителя, добавляемых в ячейку, если стоит 0, то параметр игнорируется.
                    -[no]vel            // начальные скорости для молеку раствора и растворителя, оставлены со входа.
        ======
        genbox -cp [3] -ci [4] -o [5] -p [2->6]

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs