Популярные сообщения

среда, 16 марта 2011 г.

Gromacs - конфигурирование и установка для GPU & Linux

          Расчеты по методу молекулярной динамики в Gromacs на видеокарте от nVidia с поддержкой CUDA в KUbuntu 10.4. Последняя редакция статьи: 18.10.2011.
      Полный рабочий алгоритм по конфигурированию и установке Gromacs on nVidia GPU, могу предоставить, за информацию о вашем опыте работы с Gromacs и MPI, PVM, GPU, просто связанный с моделированием в нем и т.д.
      Список поддерживаемых видеокарт, более точный на этом сайте:
  • G92/G94:
    • GeForce 9800 GX2/GTX/GTX+/GT
    • GeForce 9800M GT
    • GeForce GTS 150, 250
    • GeForce GTX 285M, 280M
    • Quadro FX 4700
    • Quadro Plex 2100 D4
  • GT200:
    • GeForce GTX 295, 285, 280, 270, 260
    • Tesla C1060, S1070, M1060
    • Quadro FX 4800, 5800
    • Quadro CX
    • Quadro Plex 2200 D2, 2200 S4
  • GF1xx (Fermi)
    • GeForce GTX 485, 480, 470, 465, 460
    • GeForce GTX 590, 580, 570, 560 Ti, 550 Ti, 580M, 570M
    • Tesla C2050, C2070, M2050, M2070, M2075, C2075, M2090
    • Tesla S2050
На не поддерживаемых тоже работает.
Таблица предварительной статистики
      В качестве предварительной статистики могу привести следующую таблицу, в ней время расчета указано в минутах и размер моделируемой системы в количестве молекул (полное число частиц = текущее*3):
          1 - Intel Core 2 Duo E4600;
          2 - nVidia GeForce GTS 450.
      Из нее видно, проводить моделирование на GPU в 10 раз быстрее, чем на CPU и это еще не на самом производительном оборудовании.
       Кто заинтересован, пишите в комментарии или на форуме.

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме.

6 комментариев:

  1. привет, меня интересует сама установка громакса 4.5.3 под Quadro FX 4800, но не смог установить опенММ под системой MINT7 x64. С радостью готов помочь тестировать и давать результаты, но, если можно, вышлите на указанный адрес название линукса, под которым Вы ставили и, если есть, рабочую инструкцию, так как перепробовал от официальной до самоделок с сайтов (rayevsky85@gmail.com). Спасибо )

    ОтветитьУдалить
  2. Письмо с алгоритмом и файлами отправил... ))

    ОтветитьУдалить
  3. Добрый вечер,Алексей !не могли бы вы и мне отправить инструкцию и линки? заранее спасибо(momysf@gmail.com)

    ОтветитьУдалить
  4. Доброе утро!

    Отправил по почте :)

    ОтветитьУдалить
  5. Алексей, привет!


    Я уже использовал скрипт из твоего блога для установки громакса для системы с Open_mpi. Теперь я хочу скомпилировать громакс заново с поддержкой GPU для расчетов на домашней машины с использованием gpu geforce 670. На сколько я понял для этого нужно внести правки в твой скрипт на уровне компиляции только mdrun. Не мог бы ты выложить пример подобного скрипта ?


    Заранее спасибо,



    Глеб

    ОтветитьУдалить
    Ответы
    1. Привет, Глеб!

      А что я получу в замен?

      Удалить

Ваш комментарий будет "принят к сведению" и пойдет на рассмотрение.