Популярные сообщения

пятница, 5 ноября 2010 г.

Gromacs, beginning - программы для моделирования

В данной статье содержится набор описаний программ (команд) необходимый для начального этапа работы с Gromacs`om, а именно - создание моделируемой системы и само моделирование. Редакция от 11.01.2011.

•    genconf          - Позволяет масштабировать размеры моделируемой системы(изменять кол-во частиц в системе). Дальше »
        ============
        genconf -f [0`] -o [0] -nbox 2 2 2 -renumber /* -nmolat 4 shuffle rot -block 2 */
 
•    pdb2gmx        - Мощный инструмент, обрабатывающий *.pdb файл с интересующей структурой и генерирующий для неё *.gro и *.top файлы. Утилита также осуществляет протонирование системы согласно имеющемуся *.hdb файлу. При работе pdb2gmx обращается к базе стандартных топологий *.rtp и, в случае отсутствия в ней молекул, присутствующих в системе, выдаёт сообщение об ошибке. Дальше »
        ============
        pdb2gmx -f[0] -o[1] -p[2] -water [...]

•    editconf     - программа задает размеры ячейки с молекулами для моделирования, вычисляется из заданной плотности, создавая необходимый, для дальнейшего использования, *.gro файл с  координатами молекул. По умолчанию моделируется кубическая ячейка. Дальше »
        ============
        editconf -f[1] -o[3] -density [...]
      
•    genbox       - заполняет свободное место в ячейке указанным растворителем, также может добавлять дополнительные молекулы в ячейку. Дальше » 
        ============
        genbox -cp [3] -ci [4] -o [5] -p [2->6]
      
•    genion         - можно ввести в ячейку одноатомные ионы в энергетически выгодные позиции, используется входной файл *.tpr и заменяются молекулы воды на ионы, количество и тип добавляемых ионов регулируется флагами –np или –nn.

•    grompp         - препроцессор, используя файлы с настройками для МД эксперимента - conf.gro, topol.top, создает входной файл топологии (препроцессор, объединяет все файлы в 1 бинарный файл)- topol.tpr для основной программы пакета Gromacs - mdrun. Препроцессор осу¬ществляет сборку полного файла топологии, а также осуществляет предстартовую проверку параметров модели. Препроцессору необходимо передать файл параметров (-f), файл стартовой структуры (-с) и файл топологии (-р). На выходе (-о) препроцессор выдаст входной файл для основного инструмента пакета GROMACS mdrun.
        ============
        grompp -f md.mdp -c [5] -p [6] -o [7] -po [8]

•    mdrun         - эта программа используется для выполнения МД моделирования, а также для Броуновской и Ланжевеновской динамики, для минимизации энергии методами сопряженного градиента или наискорейшего спуска. Принимает в качестве входного файла топологий topol.tpr , использует его проводя МД эксперимент, генерирует выходной файл .trr , или его сокращенный вариант .xtc , содержащий в себе запись состояний системы (координаты и скорости атомов, энергию системы, силы) через заданные интервалы времени. Также на выходе записвается *.g96 файл с финальными координатами и *.log файл, в котором в текстовом формате записываются промежуточные результаты и другая дополнительная информация. Дальше »
        ============
        mdrun -nice 1 -v -s [7] -o [9] -c [10] -e [11] -g [12]

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлениюруководство по Gromacs

0 коммент.:

Отправить комментарий

Ваш комментарий будет "принят к сведению" и пойдет на рассмотрение.