Gromacs, update - Обновляем Gromacs из исходника.

      Вышла версия Gromacs 4.5.4, 4.5.5. В данной статье описан алгоритм обновления. Редакция тре тья, дополненная от 22.09.2011.
      Для того чтобы обновить до новой версии, нам необходимо для начала почистить старую версию.
Переходим в каталог:
cd ~/soft/gromacs-4.5.3
и выполняем команду:
make distclean
если был установлен старый gromacs через sudo apt-get install gromacs , то удаляем его
sudo apt-get purge gromacs
и в папке usr/bin/ :
ls -l /usr/bin/mdrun_*
необходимо переименовать/удалить все файлы типа mdrun_*, если они там есть вообще (некоторые ведут в /etc/alternatives), это делается так:
cd /usr/bin

sudo mv mdrun_mpi_d mdrun_mpi_d2

и т.д. или 
sudo rm mdrun_*
Затем скачиваем версию 4.5.4 или 4.5.5 и распаковываем в туже папку soft.
Далее действуем по проверенному алгоритму из этой статьи :
     #installing Gromacs

cd ~/soft/gromacs-4.5.4

./configure --with-gsl --enable-double --prefix=$SOFT --with-fft=fftw3

make -j $NCPU

make install 

      #installing mdrun

make distclean

./configure --with-gsl --enable-double --prefix=$SOFT --with-fft=fftw3 --program-suffix=_mpi_d --enable-mpi --enable-tmpi-profiling

make mdrun -j $NCPU

если капризничает на
undefined reference to `ompi_mpi_op_prod'
и тому подобное, тогда устанавливаем
sudo apt-get install openmpi-dev
затем снова

make install-mdrun
после можно создать ссылку на
ln -s ~/software/bin/mdrun_mpi_d mdrun_mpi_d

или лучше сделать 

make links

Вот и все! Обновление установлено. Для проверки можно ввести любую команду Gromacs с ключем -h, например вот эту:

pdb2gmx_d -h

в ответ получим справку в ней должно быть написано Gromacs 4.5.4 или 4.5.5. 

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме.

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs