Популярные сообщения

вторник, 22 марта 2011 г.

Gromacs, update - Обновляем Gromacs из исходника.

      Вышла версия Gromacs 4.5.4, 4.5.5. В данной статье описан алгоритм обновления. Редакция тре тья, дополненная от 22.09.2011.
      Для того чтобы обновить до новой версии, нам необходимо для начала почистить старую версию.
Переходим в каталог:
cd ~/soft/gromacs-4.5.3
и выполняем команду:
make distclean
если был установлен старый gromacs через sudo apt-get install gromacs , то удаляем его
sudo apt-get purge gromacs
и в папке
usr/bin/ :
ls -l /usr/bin/mdrun_*
необходимо переименовать/
удалить все файлы типа mdrun_*, если они там есть вообще (некоторые ведут в /etc/alternatives), это делается так:
cd /usr/bin

sudo mv mdrun_mpi_d mdrun_mpi_d2
и т.д. или 
sudo rm mdrun_*
Затем скачиваем версию 4.5.4 или 4.5.5 и распаковываем в туже папку soft.
Далее действуем по проверенному алгоритму из этой статьи :
     #installing Gromacs
cd ~/soft/gromacs-4.5.4
./configure --with-gsl --enable-double --prefix=$SOFT --with-fft=fftw3
make -j $NCPU
make install 
      #installing mdrun
make distclean
./configure --with-gsl --enable-double --prefix=$SOFT --with-fft=fftw3 --program-suffix=_mpi_d --enable-mpi --enable-tmpi-profiling
make mdrun -j $NCPU
если капризничает на
undefined reference to `ompi_mpi_op_prod'
и тому подобное, тогда устанавливаем
sudo apt-get install openmpi-dev
затем снова
make install-mdrun
после можно создать ссылку на
ln -s ~/software/bin/mdrun_mpi_d mdrun_mpi_d

или лучше сделать 
make links
Вот и все! Обновление установлено. Для проверки можно ввести любую команду Gromacs с ключем -h, например вот эту:
pdb2gmx_d -h
в ответ получим справку в ней должно быть написано Gromacs 4.5.4 или 4.5.5. 


P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме.

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs

0 коммент.:

Отправить комментарий

Ваш комментарий будет "принят к сведению" и пойдет на рассмотрение.