Популярные сообщения

пятница, 5 ноября 2010 г.

Gromacs - обработка результатов моделирования - конечный этап.

В данной статье содержится набор описаний программ, команд, и файлов необходимый для обработки результатов моделирования в Gromacs`e. Редакция от 22.12.2010.

Более подробные описания в примерах работы с пакетом.
=========================
Programs:
•    make_ndx    - предназначена для создания индекс файлов
            Работа с траекториями частиц:
•    ngmx         - просмотр траекторий (визуализатор, с выбором параметров анимации)
•    trjconv     – преобразование файла траекторий
•    g_traj        - экстрагирует из траекторного файла координаты, скорости и силы.
            Анализ энергий:
•    g_energy     – запись и отображение энергий системы, рассчитывает общую энергию системы  в каждый момент времени, получилаем файл energy.xvg
•    g_enemat     – получение матрицы энергий
•    g_rdf         - получение радиального распределения (при запуске программе требуется задать число групп для обсчета, в случае кислород-кислород будет 1)
            Анализ расстояний:
•    g-sas         - рассчитывает поверхность, доступную растворителю в каждый момент времени, с ее помощью получаем area.xvg
•    g_dist         – вычисление расстояния между центрами масс двух групп атомов как функцию от времени, получаем dist.xvg.
•    g_msd         - рассчитывает в каждый момент времени среднеквадратичное отклонение для атомов в группе от начального состояния, получаем файл msd.xvg
•    g_bond         – вычисление расстояния между атомами.
•    g_mindist     – вычисление минимального расстояния между двумя группами.
•    g_rmsf        – вычисление атомных флуктуаций.
            Анализ связанных взаимодействий:
•    g_bond         – вычисление распределения длин связей.
•    g_angle     – вычисление распределения углов и двойных углов. На вход необходимо подать: траекторный файл (*.trr), входной файл, с которого стартовал расчёт (*.tpr), индекс файл, в котором указаны требуемые двугранные углы (*.ndx). Так же необходимо переключить программу на работу с двугранными углами (-type dihedral) и попросить записать в файл все углы (-all). Выходной файл в формате .*xvg (-ov) — текстовый файл со значениями углов. Первая колонка — время в пс, вторая — среднее значение всех углов, все последующие — конкретные значения двугранных углов.
            Анализ структурных свойств:
•    g_hbond     – расчет и анализ водородных связей.
•    g_saltbr    – расчет солевых мостиков.
•    g_sorient    – анализ расположения растворителя относительно растворенного вещества.
=========================
Files:

    Траекторные файлы и файлы энергий.
•    *.trr    - выходной файл содержащий в себе запись состояний системы (координаты и скорости атомов, энергию системы, силы) через заданные интервалы времени. Предпологаемый синтаксис: 1. номер итерации 2. ширина шага 3. потенциальная энергия... *.xtc    - сокращенный вариант *.trr
•    *.edr     - бинарный файл содержащий информацию о силах, о компонентах энергии системы и об их изменении во времени. Также в этих файлах хранится информация о температуре, давлении и поверхностном натяжении в системе.
•    *.trj    - выходной файл, как *.trr , if you don't have XDR.

    Индекс-файлы.
•    *.ndx     - индексовый файл содержит в одной группе все атомы кислорода, с помощью утилиты g_rdf можно извлечь эту информацию. Индекс файл в первой строке должен в квадратных скобках содержать имя группы, ниже, через знаки табуляции номера атомов, например:
[ Oxygen ]
1    4    7
[ Hydrogen ]
2    3    5    6
8    9
Здесь две груgпы, всего девять атомов. Первая группа кислород с 3 елементами. Вторая водород с 6 элементами. Файл такого типа можно создать с помощью make_ndx, а также в ручную с помощью любой электронной таблицы - атомы в группах идут через определнные промежутки: пишим в трех ячейках номера первых трех, а затем растаскиваем полюсом на нужное кол-во ячеек и копируем полученную последовательность в *.ndx файл после [ имени группы ]. Для создания индексных файлов существует специальная программа make_ndx.

    Файлы результатов.
•    *.xvg     - текстовые файлы, создаваемые многочисленными утилитами пакета GROMACS и содержащие различную информацию, например, автокорреляционную функцию, вычисленную для какого-либо параметра или временной ход температуры в системе.

•    *.mtx     - файлы матриц, хранящиеся в бинарном формате, используются, например при хранении матрицы Гессе в ходе расчета нормальных колебаний системы. 

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлениюруководство по Gromacs

0 коммент.:

Отправить комментарий

Ваш комментарий будет "принят к сведению" и пойдет на рассмотрение.