Gromacs, beginning - genconf

     В данной статье содержится описание ключей(флагов) для программы genconf, которая позволяет масштабировать размеры моделируемой системы(изменять кол-во частиц в системе).

•    genconf        - умножает данный координационный файл, просто добавляя к нему такой же, как маленький ребенок, играющий с деревянными кубиками. Программа создает пользовательскую сетку, определяя пропорции (-nbox), и создает интервалы узлы сетки с дополнительным пространством -dist.
Когда опция -rot используется, программа не проверяет наложение молекул на узлы сетки. Рекомендуется сделать ячейку во входном файле, по крайней мере, столь же большой как координаты + радиус Ван-дер-Ваальса.
Если дополнительный файл траектории дан, а структуры не созданы, но прочитаны из этого файла и переведя соответственно, то можно построить сетку.

        ============
        genconf     -f       conf.gro          // Input      Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
                    -o     out.gro         // Output     Structure file: gro g96 pdb
                    -trj     traj.xtc     // Input, Opt.     Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
                    -[no]h      bool          // справка и выход
                    -nice     int     [0]        // приоритет исполнения программы
                    -nbox     vector     [1 1 1] // число ячеек /*, например есть ячейка для TIP4P 216 молеул в файле *.gro, направляем его на вход и ставам ключ -nbox 2 2 2 на выходе получаем уже 216*32=6912 атомов в новом *.gro файле, т.е. 216*8=216*2*2*2=1728 молекул. */
                    -dist     vector     [0 0 0]    // расстояние между ячейками
                    -seed     int     [0]        // Рандоматор, если 0, то производиться от переменной времени
                    -[no]rot     bool    // случайное вращение структуры
                    -[no]shuffle     bool     // случайная престановка молекул
                    -[no]sort     bool    // сортировать молекулы по Х координате
                    -block     int     [1]    // разделить ячейку на блоки по кол-ву процессоров на ПК
                    -nmolat     int     [3]    // число атомов в молекуле, которая, как предполагают, началась от 0. Если установите не правильно, то это "вывернет" всю систему, /* при установк не 3, а 4 для TIP4P *.gro файла воды изменений в новом файле не наблодалось, что все как для 3*/.
                    -maxrot     vector     [90 90 90]    // мах случайной вращение
                    -[no]renumber     bool     [yes]     // пренумеровать молекулы, если в ячейке вещество одно, то в данной опции особой необходимости нет.
        genconf -f [0`] -o [0] -nbox 2 2 2 -renumber -nmolat 4 /* shuffle rot -block 2 */

     Для того, чтобы, создать систему нужного объема надо иметь файл (*.gro , *.pdb) с одной молекулой, а затем его смасштабировать через genconf. Этот процесс рассмотрен на примере создания системы из молекул воды с геометрией TIP5P. 

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs