Популярные сообщения

среда, 30 марта 2011 г.

Gromacs, example7 - Создание системы нужного объема

     В Gromacs используя программу genconf можно масштабировать количество молекул в ячейке, задавая тем самым нужный размер ансамбля.
     Рассмотрим данный процесс на примере создания ансамбля из 512 молекул воды с геометрией TIP5P. Данный алгоритм также можно использовать для масштабирования системы из любого файла *.gro или *.pdb содержащего в себе координаты молекулы, созданного например в Авогадро. Он работает с *.pdb форматом.
     По своей сути процесс достаточно прост и  примитивен. Началось все с того, что в папке top у Gromacs`a все стандартный файл воды, как растворителя, содержит в себе 216 молекул, spc216.pdb, tip4p.gro, tip3p.gro, а вот файл для TIP5P содержит 512. Создать геометрию TIP5P молекулы воды в Авогадро у меня не получилось и я решил сделать следующее.
     Берем стандартный файл tip5p.gro удаляем все лишнее кроме первой строки заголовка и пяти строк, которые содержат данные об одной молекуле воды с геометрией TIP5P (порядковый номер ее можно посмотреть в первом столбце, частицы с одним номером принадлежат одной молекуле). Сохраняем с названием tip5p1.gro. Запускаем:
              editconf -f tip5p1.gro -o tip5p1out.gro
     Выдается ошибка, о нулевой массе или объеме. Поднимаемся по выводу консоли выше, находим строку system size и умножаем самое большое число сроки на два. Полученное значение записываем в последнюю строку файла tip5p1.gro в таком формате:
   Число   Число   Число
     Затем, используя программу genconf масштабируем до нужного размера систему:
              genconf -f tip5p1.gro -nbox 6 6 6 -renumber -nmolat 5 -o tip5p216.gro
     В этой строке будет создана система из 216 молекул в кубической ячейке, размеры которой можно можно посмотреть в последней строке файла tip5p216.gro .
     Далее можно использовать pdb2gmx, editconf, genbox и т.д. проводить минимизацию энергии, уравновешивание, прогон и обрабатывать результаты. Все проходит на ура, нежели если использовать pdb2gmx и им создавать TIP5P из spc216.pdb, которая в результате дает НЕ ВЕРНЫЕ, сползающие ФРР. 

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме.


Назад к оглавлению : руководство по Gromacs

0 коммент.:

Отправить комментарий

Ваш комментарий будет "принят к сведению" и пойдет на рассмотрение.