Gromacs, example0 - Алгоритм действий

      В данной статье описан примерный алгоритм действий, для того чтобы проводить моделирование в Gromacs (справедлив для любой версии).

Последовательность действий при моделировании в Gromacs`e примерно такая :

• создаем *.pdb файл (берем готовый из дата-банка), можно использовать *.gro, например, с масштабированный для большого кол-ва молекул из genconf, или любой другой подходящий.
• используя программу pdb2gmx создаем на его основе два файла *.top - топологический файл и *.gro - файл с координатами атомов моделируемой системы или прописываем содержимое этих файлов вручную.
• затем с помощью программы editconf задаются параметры ячейки, в которой находиться наша система (на вход ему лучше подавать исходный *.gro или масштабированный),  затем можно использовать программу genbox - для заливания системы растворителем и проверки конечной плотности и объема системы, если подавали в editconf нужный файл, то строка в перезаписываемом *.top файле с кол-вом молекул не исчезнет, а также можно использовать genion для генерации дополнительных свойств в системе.
• необходимо задать нужные нам параметры моделирования в файле *.mdp, особенно необходимо правильно указать величины радиусов обрезания (мах радиус равен половине ребра ячейки, новые размеры ячейки выдает editconf , а min должен быть больше суммы двух max радиусов силовых взаимодействий, это для PME).
• вызываем программу grompp, которая на основе трех файлов *.top, *.gro, *.mdp создает входной файл *.tpr для основной программы пакета - mdrun. 
• запускаем mdrun с нужными ключами (флагами), моделирование началось, по его окончании мы получим файлы, необходимые для обработки результатов моделирования. Если система не минимизируется, вылетает (бежит индекс шага, а параметры  строки не меняются), то рекомендую в файле em.mdp уменьшить или увеличить начальный шаг (emstep) и пробовать снова провести минимизацию, запустив grompp и mdrun.
  
• дальше идет непосредственная обработка результатов, различными программами из пакета или сторонними приложениями (см. Примеры работы с Gromacs).

P.S. Если статья была вам полезна проголосуйте в опросе блога, этим вы скажите СПАСИБО Автору, также можно обсудить её на Форуме. 

Назад к оглавлению : руководство по Gromacs